軟包装衛生協議会の会員工場において、衛生管理自主基準に基づく衛生管理が正しく行われているかを、定期的に診断・検証する制度。会員企業の工場は、一定期間内に、第三者機関(一般財団法人食品環境検査協会)による工場診断を受けることが義務付けられている。認定工場は、「自社工場の認定番号を表記した認定標識」と「認定証」を掲げ、衛生的に管理された工場の証しとすることができる。また、認定工場で製造・加工された製品には、衛生的に管理された工場の製品としての証として、認定表示マークを付けることが出来る。